Scholen kunnen een subsidie krijgen voor schoolmelk, maar die is uitsluitend bedoeld voor leerlingen. Bovendien mag de melk niet verwerkt worden in maaltijden en desserten. Om misbruiken te voorkomen organiseert het Ministerie van Landbouw geregeld controles. In het schooljaar 2003-2004 werden nauwelijks onregelmatigheden vastgesteld.
15 % van alle dossiers over onregelmatige Europese landbouwsubsidies handelen over schoolmelk. In de periode 1994-2002 werd 217 111 euro teruggevorderd. Dat is amper 2 % van de meer dan 10 miljoen euro die scholen in die periode ontvingen. Dat betekent overigens niet dat scholen frauderen. Vaak gaat het om vergissingen. Schooldirecties en leraren waren onvoldoende op de hoogte dat schoolmelk alleen voor de leerlingen bestemd was of dat die niet mocht worden verkocht aan leerlingen of leraren om ze mee naar huis te nemen. De Dienst Melk heeft bij recente controles geen noemenswaardige overtredingen meer vastgesteld.