Met een klacht over de dienstverlening van het departement Onderwijs kan u terecht bij de Vlaamse Ombudsdienst. Dat kan wel pas als de administratie zelf geen oplossing biedt voor een probleem. In zaken die tot de autonomie van de school behoren of in personeelsaangelegenheden bemiddelt de ombudsdienst niet.
In 2004 onderzocht de Vlaamse Ombudsman 114 ontvankelijke klachten over onderwijs. Die gingen vooral over studietoelagen, erkenning van diploma's, uitbetalingen van wedden die niet correct waren … Dat blijkt uit het 'Jaarverslag 2004' van de Vlaamse Ombudsdienst.